小昭寺位于拉萨古城之北，与大昭寺相距约一公里，坐西朝东。寺内供奉的释迦牟尼佛为佛陀12岁时之等身像，是文成公主由长安携带进藏，成为西藏最珍贵的历史文物，后移至大昭寺，又将公主携带的另一个尊佛移至小昭寺。
    小昭寺与大昭寺同期修建，据说是文成公主入蕃时从内地召来建筑师修建的，所以小昭寺的早期建筑系仿汉唐风格。后几经火焚，现存的小昭寺为晚期作品，是黄教格鲁派上密院的修法之地。